O CEPAP tem por finalidades assessorar, fornecer consultoria, analisar e emitir pareceres e certificados quanto aos aspectos éticos de todos os procedimentos científico e didático envolvendo animais não humanos, comprovadamente sencientes, bem como trabalhar pela conscientização e capacitação do meio acadêmico quanto a uma condução ética desses procedimentos, em conformidade com a Lei 11.794 de 2008 e as orientações do Conselho Nacional de Controle de Experimentação Animal (CONCEA).